引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小的原因有很多，不仅仅有先天性的原因也有后天性的原因，遗传因素是引起阴茎短小的常见原因，也和体格有一定的关系，一般体格健壮，身材高大的男性生殖器也会发育的大一些，另外在男性出现有隐睾症，内分泌失调，雄性激素分泌不足等的时候都可能会引起阴茎短小。
只要有男性成熟的精子进入到女性的体内，就可以导致女性怀孕的，所以即使是有阴茎短小症，但是如果精子质量正常的话，那么就不会影响到怀孕的。这情况无需担心，可以正常的备孕的。阴茎短小症如果已经确诊的话，可以考虑通过手术来治疗。
平常的状态下不能超过四个厘米，或者勃起以后不能超过九个，里面就是一件短小的，需要到医院进行检查明确下诊断，如果确实是有一件短小的情况，还是需要积极的寻找原因。需要进行治疗。