通常经干扰素治疗有效者，治疗疗程一般为1-2年；若经干扰素治疗效果不佳者，则需要长期服用抗病毒药物进行治疗，可防止出现肝硬化、肝癌等并发症，对于提高患者生活质量有重要意义。因此，乙肝患者长期进行抗病毒治疗。
清除体内病毒、恢复肝功能也被称为乙肝治疗的关键，积极治疗，还要注意休息，配合饮食调养。合理的营养有利于肝细胞的修复与再生，增强免疫功能，促进肝脏功能的恢复。要多食新鲜的蔬菜、水果，以补充足够的维生素和纤维素，也有助于促进消化功能。
单纯跑步是不能治疗乙肝的，但是适当运动是可以增强体质的。目前还没有药物能杀灭乙肝病毒，如果肝功能正常，不须治疗。但必须注意由于各种抗病毒药物很难有所作为不宜一味追求阳转阴，应做到调养劳逸和随访的三结合。
对于乙肝的治疗，现在多数是以口服抗病毒的药物为主，对于乙肝的传播主要是通过血液、母婴垂直传播、性接触等途径，并不是所有的乙肝都需要抗病毒治疗，对于乙肝病毒携带者，可以采取定期观察（肝功、病毒含量、超声、甲胎蛋白等）。
乙肝病毒感染后是可以自愈的。因为人的机体有正常的免疫力，正常的成年人，有时候乙肝病毒进入人体以后，会有急性感染期的表现，像黄疸、腹痛、尿黄、眼黄，如果判断处于急性期感染，不需要抗病毒治疗。