胸腺瘤有良性的也有恶性的。临床上大部分胸腺瘤在组织学是上呈良性改变，在影像学表现包膜完整，界限清楚，无侵袭性。但有一部分胸腺瘤可发展为侵袭性生长，呈恶性改变，常伴有纵隔淋巴结肿大，有心包积液或者是胸腔积液。
胸腺瘤在纵膈原发性肿瘤中较为常见，多起源于胸腺上皮细胞或淋巴细胞，占胸腺肿瘤的95%左右。该病多于四十到五十岁时发现，女性略多于男性，目前病因发病机制不是很明确。最多见于上纵膈，但也有少部分生长于其他部位，比如颈部和后纵隔等。绝大多数的胸腺瘤呈良性的表现，但其中一部分呈侵袭性的生长，属于恶性的胸腺瘤。
胸腺瘤一经诊断就需要采取外科手术切除，部分切除者术后进行放射治疗可缓解症状，还能延长病人的生命，如果不选择手术治疗的话，那就只能选择保守对抗治疗还有营养支持治疗。
巧克力囊肿和畸胎瘤的治疗方法主要是手术治疗。区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
胸腺瘤是恶性还是良性的区别在于良性胸腺瘤病人不会出现一些不适症状，仅仅是通过X线检查才能发现，如果胸腺瘤的体积非常小，并且紧贴于胸骨，做X线检查也是很难发现。恶性胸腺瘤则容易侵犯到周围组织，病人还会出现不同程度的胸骨疼痛和气喘，到了晚期还会出现血管和神经等部位的病变。
症状主要是对周围脏器的压迫和肿瘤本身的特有症状两方面。小的胸腺瘤多无表现，也不容易被发现，当长到一定体积压迫周围组织后会有胸痛、胸闷、咳嗽，进一步检查可见前上纵隔部位的肿块，如果继续增大，压迫上腔静脉会表现为上腔静脉综合征，也就是头面部及双上肢的肿胀伴有呼吸发憋的表现。肿瘤特有的临床表现为重症肌无力，如睁眼，四肢的活动无力，低球蛋白血症，肾病综合征，类风湿性关节炎等，也有一些病人会表现。