肛周脓肿只能手术治疗，如果不及时治疗，有可能演变成肛瘘。肛周脓肿一旦治好，不再形成肛瘘。尽早手术的原因是肛门周围组织较疏松，且间隙多，故当一个间隙发生感染后常会迅速波及到其他间隙，引起多个间隙的混合感染，所以肛周脓肿应及早手术治疗。
治疗肛周脓肿的方法有手术，且越早越好。肛周及会阴部可见片状黑色病变，皮下可触及捻发音，严重的大片皮肤及筋膜进行性坏死，波及阴囊、大阴唇，有的到达直肠下段、下腹部、后腰部，面积广，蔓延速度快。
引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：1、感染性因素：感染是引起本病的主要原因。2、医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。3、手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿。4、其它：直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
有时候压力大或者过度紧张或者在饮食上喝酒、吃辛辣的东西会感觉肛门周围突然的肿痛。所以肛周脓肿有很多诱因，与引起体内湿热上火的因素关系较大，所以发病是年轻的男性居多。
治疗肛周脓肿治疗，一般是需要及时切开引流，排出脓液，并且定期进行换药处理，以观察伤口创面的愈合情况，后期可以在每次大便之后，使用消炎溶液坐浴，另外，肛周脓肿的病人需要酌情进行抗菌素治疗，可以根据病情给予口服、肌肉注射或者静脉滴注。