目前治疗乙肝病毒感染的方法有药物治疗，目前常用的药物有两种：
一是干扰素，包括长效和短效干扰素，这要根据病人的情况来确定，并不是每个人都适合服用，有些是本身免疫疾病，比如肝脏受损严重的病人。
二是核苷类药物。但是，口服的核苷类药物，其周期最长达4年，有些病人可能会终生服用。
患者需要遵医嘱用药，避免私自用药，以免产生不良反应。
乙肝可分为急性乙型肝炎和慢性乙型肝炎，按病情轻重分类，可分为乙肝携带者、活动性乙型肝炎、重型肝炎、肝炎肝硬化，按有无出现黄疸可分为黄疸型和无黄疸型，该分型多针对于急性乙型肝炎，急性黄疸型乙肝和急性无黄疸型乙肝。
目前临床上应用的乙肝疫苗主要有三种，血源性乙肝疫苗，此疫苗是用无症状的HBsAg携带者的血液制成，故称血源性乙肝疫苗。基因工程疫苗，利用基因工程研制重组DNA乙肝疫苗，曾先后研制过大肠杆菌系统、啤酒酵母细胞系统、哺乳动物细胞系统和牛痘病毒系统的重组乙肝疫苗。含前S蛋白的乙肝疫苗，添加前S蛋白的酵母源性重组乙肝疫苗，能明显地增强免疫应答。
对于乙肝的治疗，现在多数是以口服抗病毒的药物为主，对于乙肝的传播主要是通过血液、母婴垂直传播、性接触等途径，并不是所有的乙肝都需要抗病毒治疗，对于乙肝病毒携带者，可以采取定期观察（肝功、病毒含量、超声、甲胎蛋白等）。
乙肝病毒感染后是可以自愈的。因为人的机体有正常的免疫力，正常的成年人，有时候乙肝病毒进入人体以后，会有急性感染期的表现，像黄疸、腹痛、尿黄、眼黄，如果判断处于急性期感染，不需要抗病毒治疗。