要吃抗病毒的药物。具体都要吃多久，主要是根据自身的情况来看，有的人需要常年服药，但是也有的人需要吃一两年的时间就可以了，所以必须要结合自身的情况来看，平时注意劳逸结合，饮食清淡均衡，不喝酒，定期复查动态了解肝脏变化情况。
乙肝小三阳患者做抗病毒治疗，需要根据肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查结果来判定，假如乙肝小三阳患者的检查结果是乙肝病毒DNA定量大于10的3次方拷贝/毫升，其谷丙转氨酶水平大于80单位/升时，肝脏发生炎症坏死的程度大于2度等，就是抗病毒治疗的最佳时机。
乙肝小三阳病人可以采用中药保肝的治疗方法，还可以使用一些抗病毒药物治疗，抗病毒药物的优点是有固定疗程、不产生病毒耐药，具有调节免疫功效，但是价格较高、不良反应较多。
小三阳抗病毒治疗的停药标准是要求肝功能正常，表面抗原转阴、DNA转阴，达到这两个转阴之后再继续服药一年半以上，可以考虑停药。对于HBeAg阳性患者，出HBeAg血清学转换通常为大三阳转为小三阳并且HBVDNA检测不出，持续12个月以上，可以考虑停药;对于HBeAg阴性患者，如果HBsAg仍为阳性，何时停药尚不确定，在治疗至少持续2年以上，并且间隔6个月以上3次以上检查HBVDNA均为阴性。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗从化验结果看，病毒数量也比较多，需要继续使用抗乙肝病毒药物和保肝药物，并定期复查，抑制病毒繁殖。
乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。