乙肝小三阳肝功能异常的治疗尚没有特异性，主要的治疗是抗病毒治疗，恢复肝功、抗病毒、阻止肝纤维化三结合。没有一种药物可以直接杀灭乙肝病毒，而自身的免疫系统可以清除乙肝病毒。应恢复肝功能，免除肝功能持续损害，避免肝硬化的发生。
如果是乙肝小三阳，不需要治疗，需要检查一下肝功能和腹部彩超或者腹部CT。如果肝功能正常，腹部彩超，腹部CT没有慢性肝病或者肝硬化的表现，这叫乙型肝炎病毒携带者，可以定期复查肝功、腹部彩超，一般不需要特殊治疗，但是要注意不要过于劳累，不要喝酒。
说明肝功能有一定的损伤，需要饮食上进行调理，配合药物共同进行治疗，还要保证良好的休息和睡眠。建议应用一些保肝的药物，如肝泰乐复方甘草酸苷等进行调理治疗。同时注意一定不要喝酒，也不要熬夜，然后就要定期复查一下肝功能。
乙肝小三阳肝功能异常，表明体内乙肝病毒对肝细胞已构成损伤，或受周围环境的影响而诱发，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行处理。
患者需要及时就医，并且根据自身情况进行合理用药，同时还应该做好心理上的护理工作。建议病人在发现自己的疾病后，马上去正规的医院进行检查和治疗，以免耽误病情，因而错失了治疗的最佳时机。如果没有及时得到诊断的话，可以继续服用保肝药物进行治疗，同时也可以配合使用抗病毒药物进行治疗。治疗过程中必须遵医嘱，切勿自行随意停药，以免影响疗效。同时要定期复查一下肝病指标，及时进行调整。
此外，平时要注意休息和进食，可以增强身体抵抗力。
乙肝小三阳一般会出现消化道的症状，会出现厌油，厌食，同时还会出现有乏力，黄疸，发热等表现，一般是由乙肝病毒感染引起来的一种肝部疾病。一定要做到讲究卫生，要杜绝病从口入，勤洗手。并且要勤锻炼，增加身体抗体，提高抵抗力。
乙肝小三阳如果出现肝功不正常，需要结合病毒定量的数值、血凝、血氨和肝脏彩超等结果，综合判断目前病情的程度，根据病情选择行保肝治疗，还是加用抗病毒药物治疗。禁食辛辣刺激性食物，清淡饮食，作息规律，保证充足睡眠。