肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
主要看结石的大小决定。如果胆管结石比较小，是可以用保守治疗的方式，不要手术服用药物排石即可，治疗期间卧床休息、禁饮酒或低脂饮食、输液、纠正水电解质紊乱和酸碱平衡失调。若胆管结石比较大，则需要采取胆总管切开取石、胆肠吻合术等手术治疗。
如果胆囊穿孔，是一种非常严重的疾病。由于胆汁在胆囊中，是一种化学物质，如果胆囊破裂，会引起胆汁性腹膜炎、继发性细菌感染、败血症等严重并发症。因此一旦明确需要考虑及时的外科治疗，访问肝胆外科，不能延误治疗时间。
这种疾病的严重程度完全取决于结石的大小或症状。如果结石相对较大，并有局部疼痛或全身性黄疸的症状，则相对严重。如果没有这些症状的表现，这意味着疾病并不严重。治疗方法是根据不同的严重程度选择药物或手术。
在做完肾结石手术后四小时左右碎石是可以慢慢排出的。此外应该口服一些消炎药，保持清洁卫生，在饮食方面也应以清淡为主，少吃或不吃辛辣刺激食物。如果出现异常情况，应该及时就医治疗。
体内碎石往往是在手术的情况下，进行激光的碎石设备进行体内碎石，体外碎石往往是通过体外震波碎石等一些碎石方法进行碎石。对于体内碎石的病人，往往是由于结石比较大或者结石梗阻时间比较久，通过体外碎石无法完成的结石，才通过手术的方法进行体内碎石，体外碎石往往是对于体积比较小，梗阻时间比较短或者没有明显梗阻的病人，才进行体外碎石，效果可能会比较好。
