小三阳抗病毒治疗的停药标准是要求肝功能正常，表面抗原转阴、DNA转阴，达到这两个转阴之后再继续服药一年半以上，可以考虑停药。对于HBeAg阳性患者，出HBeAg血清学转换通常为大三阳转为小三阳并且HBVDNA检测不出，持续12个月以上，可以考虑停药;对于HBeAg阴性患者，如果HBsAg仍为阳性，何时停药尚不确定，在治疗至少持续2年以上，并且间隔6个月以上3次以上检查HBVDNA均为阴性。
乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
乙肝抗病毒在必要的情况下还是要进行的，抗病毒治疗副作用很大，要谨慎采用。目前来说，乙肝治疗难度较大，并非简单治疗就能康复，因此在治疗的时候，要选择专业医院，这样才能保障治疗效果。可考虑最新技术治疗，该技术能有效清除体内的乙肝病毒，修复受损肝细胞，转阴康复。
服用恩替卡韦抗病毒治疗已经3年，需要进行检查，检查提示肝功能正常、一直保持阴性，按照慢性乙肝防治指南的标准，可以考虑停药，停药以后，仍需定期3到6个月复查肝功能及HBVDNA，期间有不适随时就诊。
E抗原阴性的人在达到HBVDNA低于检测下限、ALT正常后，且总疗程至少已达到2年半者，可考虑停药。由于停药后复发率较高，可以延长疗程。E抗原阳性的人在达到HBVDNA低于检测下限、ALT复常、HBeAg血清学转换后，且总疗程至少已达2年以上者，可考虑停药。
乙肝小三阳患者做抗病毒治疗，需要根据肝功能检查、乙肝病毒DNA检查和B超检查结果来判定，假如乙肝小三阳患者的检查结果是乙肝病毒DNA定量大于10的3次方拷贝/毫升，其谷丙转氨酶水平大于80单位/升时，肝脏发生炎症坏死的程度大于2度等，就是抗病毒治疗的最佳时机。