治疗小三阳的最佳方法要分情况，如果小三阳的时候乙肝病毒并没有对肝脏或者身体的其他部位造成伤害，可以不服用任何药物，但是需要注意不能饮酒，不能使用明显损伤肝脏的药物，还应该定期的进行复查，复查是为了及时发现肝功能的异常。
如果乙肝小三阳，病毒学检测也就是HBVDNA阴性，肝功酶学正常，彩超等影像学无任何改变，年龄小于50岁，无家族的肝癌病史，可以不用治疗，半年到一年一次系统检查。如果小三阳，HBVDNA高于检测线，肝功能异常，彩超提示肝硬化，或者肝脏结界，年龄大于50岁，家族有肝癌病史，尽早进行抗病毒治疗。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗小三阳病人，定期复查肝脏功能，病毒DNA定量，也可以做个肝胆彩超，密切监测病情的进展，一旦发现转氨酶和病毒繁殖活跃，需要使用抗乙肝病毒药物。
肝硬化是慢性肝病恶化的体现。肝硬化如果不积极治疗，大部分会发展为肝腹水甚至肝癌。所以肝硬化要积极治疗。在治疗的时候一定要选择适合有效方法，避免治疗误区。只有长久抑制或者清除乙肝体内病毒，乙肝病毒才能长久稳定。
如果已经证实是慢性乙型肝炎，则没有可以完全治好的特定药物。主要治疗方法是使用抗病毒治疗。常用的抗病毒药物可以通过阻断病毒复制来达到治疗效果。平时要注意休息，不要喝酒，不要熬夜。
小三阳病人首先应检测肝功能，化验血中HBV-DNA含量及前C基因变异情况，并通过必要的肝活检来正确分析这种小三阳是否需要采取治疗措施。如果肝功能正常，HBV-DNA阴性，不需要治疗，半年定期复查。如果肝功能异常，HBV-DNA阳性，则需要治疗。