小三阳的治疗要注意饮食调理，劳逸结合。避免过重过分的体力、脑力劳动。如果出现乏力，腹胀，小便发黄，肝功能异常，提示乙肝病毒复制增多、活跃，应及时完善相关检查。应忌酒，不能熬夜，需要定期复查。
血吸虫肝病的治疗主要是注意休息、保证水和电解质平衡，加强营养，改善体质，多吃蛋白质丰富的食物，如鸡蛋、瘦肉和鱼，多喝牛奶。小三阳肝病应该接受抗病毒、保肝护肝、调节免疫、抗肝纤维化等综合性的治疗，定期的复查。
如果有小三阳性，就有可能检查乙肝的五项。如果表面是消炎的，e抗原和e抗体是阳性的，就意味着它是小三阳性。一旦被感染，它将终生携带，无法治疗。同时，如果乙肝基因异常，病毒大量复制，此时有必要及时进行抗病毒、保肝等对症治疗。平时不要过度劳累，熬夜，也不要喝酒或抽烟。
小三阳也属于乙肝病毒感染的一种情况，只不过在此情况下病毒感染，传染率比较低。患有小三阳需要注意两方面的问题一方面需要定期检查自己的肝功，如果有肝功能的损伤，及时的应用保肝的药物。其次要注意准备单独的生活用品，尽量减少自己的血液、体液对物品的污染。作好餐具等消毒工作。饮食要清淡，不吃过于辛辣的食物，戒烟戒酒，多吃蔬菜水果。家人可以注射乙肝疫苗，预防被传染。
乙肝小三阳的治疗，临床上主要是采取抗病毒的方式进行治疗。而且乙肝小三阳的治疗目前需要结合病人的肝功和乙肝病毒定量来进行治疗，综合分析是否需要治疗，如果病毒正常就不需要药物治疗；如果转氨酶升高，就预示着会有肝病的发作。