乙肝小三阳病情更隐蔽，更容易发生病情的进展，大多数的肝癌以及肝硬化，都来自于小三阳，所以对于小三阳应该提高警惕，定期的复查。如果小三阳病人处于肝炎的活动期，同样需要进行积极、长期的抗病毒治疗，同时保肝、调节免疫治疗。
乙肝携带者孕妇在怀孕的7、8、9后三月需要注射乙肝高效价免疫球蛋白，出生后小孩在24小时内注射第一次乙肝高效价免疫球蛋白和乙肝疫苗30微克，以后第2、3月也要注射乙肝高效价免疫球蛋白，第2、6月也要注射乙肝疫苗30微克，但注射部位要分开，严禁将HBIG与乙肝疫苗放在同一注射器内注射，这样一般来说能够最大可能防止传染小孩。
乙肝小三阳是否需要治疗，主要看临床症状、肝功能以及肝纤维化指标、乙肝病毒DNA定量结果来决定。没有临床症状，肝功能正常，乙肝病毒DNA定量正常的慢性乙肝病毒携带者可以定期随访观察，无需治疗。乙肝病毒DNA定量阳性、转氨酶明显异常的，需要及时进行抗病毒以及保肝治疗，同时还需要定期检测。
考虑进行相关的抗病毒治疗。所以不能光看乙肝小三阳和大三阳来判断是否需要治疗，关键点在于乙肝病毒是否造成人体的损害，是否造成了肝脏炎症和纤维化进展，这点是判断治疗的最主要最根本的原因。
乙肝小三阳的治疗包括护肝和抗病毒治疗。目前国际上还没有能治好乙肝小三阳的治疗方法，主要是通过抗病毒治疗，长期抑制病毒复制，稳定肝功能，防止肝硬化和肝癌的发生。少数患病者通过抗病毒治疗达到很好的效果。
血吸虫肝病的治疗主要是注意休息、保证水和电解质平衡，加强营养，改善体质，多吃蛋白质丰富的食物，如鸡蛋、瘦肉和鱼，多喝牛奶。小三阳肝病应该接受抗病毒、保肝护肝、调节免疫、抗肝纤维化等综合性的治疗，定期的复查。