乙肝小三阳的治疗包括护肝和抗病毒治疗。目前国际上还没有能治好乙肝小三阳的治疗方法，主要是通过抗病毒治疗，长期抑制病毒复制，稳定肝功能，防止肝硬化和肝癌的发生。少数患病者通过抗病毒治疗达到很好的效果。
血吸虫肝病的治疗主要是注意休息、保证水和电解质平衡，加强营养，改善体质，多吃蛋白质丰富的食物，如鸡蛋、瘦肉和鱼，多喝牛奶。小三阳肝病应该接受抗病毒、保肝护肝、调节免疫、抗肝纤维化等综合性的治疗，定期的复查。
乙肝病毒携带者如果是小三阳，需要检查肝脏功能，乙肝病毒，DNA，有没有肝脏损伤的情况。如果肝脏有损伤，给保肝药物治疗，如果没有损伤，定期检查了解变化就可以。乙肝病毒的感染，最主要是预防肝硬化的发生。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗小三阳病人，定期复查肝脏功能，病毒DNA定量，也可以做个肝胆彩超，密切监测病情的进展，一旦发现转氨酶和病毒繁殖活跃，需要使用抗乙肝病毒药物。
乙肝小三阳病毒数量增加，要考虑是乙肝病毒变异所致，此时要及时进行肝功能、B超等全面检查，综合判断病情轻重，然后积极给予对症治疗。保持良好的心情，不酗酒，不过度劳累，不熬夜，忌食辛辣，加强体育锻炼，一定要注意保养。