头部磁共振做一次的费用是5百元-1千元，头部核磁共振检查适用于脑血管病，核磁共振能够显示超早期或者早期内新发梗塞病灶，还可以检查颅内的肿瘤情况，或者有肿瘤病史的患者可以检查头颅内及脑膜是否有明确的转移病灶。
磁共振无辐射，对人体无明显影响，核磁共振成像是利用电子计算机对人体断面进行图像分析诊断的检查方法，不用X线，而是磁场，其基本原理是人体所含氢原子在强磁场下给予特定的高波后会发生共振现象，产生一种高波数的电磁波。
做头部磁共振的时候，跟磁共振检查都是一样的。首先就是自己做好准备，肚子不要太饿也不要太饱，大小便先排掉，这样就会比较轻松一些。另外就是身上的金属异物都要拿掉，尤其是发卡。
可以检查脑实质，侧脑室，中线结构，鞍区，双侧乳突，双侧眼球及眼眶，以及部分鼻窦和鼻咽。磁共振在临床上的应用非常广泛。磁共振检查头部，对于头部所存在的绝大部分问题都可以查出来，磁共振对软组织的检查更具优势。
一旦诊断出了矮小症，就需要做头颅核磁共振。头颅MRI主要是为了确定孩子是否存在下丘脑垂体的发育，以及是否存在器质性的疾病，特别是肿瘤。除了做头颅核磁共振检查之外，还需要做身体检查，检查孩子的身高、体重、身高的年增长速度，同时还要做一些化验，包括血、尿、肝肾功能、生长激素激发试验、IGF-1等检查，同时还检查甲状腺功能、性腺轴的功能。儿童也要做骨龄检测，女性儿童也要做染色体检测。
做头部核磁的检查大概需要10分钟至半个小时，所以在这个过程中患者一定要配合。如果患者在做扫描的过程中头部动了，检查出的图像会有一些伪影清晰度不够，所以说患者做头部磁共振的时候要注意配合，保持头部的位置固定不动。