需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确，能够清晰地显示脑干等部位的病灶。
头部疼痛可以做CT检查，也可以做磁共振检查。做CT检查费用要低，但是存在一定的辐射，如果是孕妇或者小朋友，最好不要做CT检查。磁共振检查费用要高的多，但是清晰度比较好，做磁共振检查是在比较强的磁场里面，身体里面有钢钉、钢板或者心脏起搏器之类的东西也不能做检查。做磁共振检查是在空间比较大又比较幽暗的房间里面做，如果病人有幽闭综合征也不能做磁共振检查，只能选择做CT检查。建议到神经内科检查，在医生的指导下治疗。日常注意多休息，保持充足的睡眠，多喝水，注意保暖，避免着凉感冒。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
腹部磁共振的价格都在600到1000元左右，但是还是需要根据当地医院的价格来定的，因为每一个医院的设备跟医生都是不同的，所以价格也是不一样的，做腹部磁共振要去正规三甲医院。
做ct还是做磁共振要看头疼的原因是什么，要根据头疼原因由医生决定。头疼做ct还是做磁共振需要就诊的医生进行判断，这两个检查各有自己的利与弊，ct作为常规扫描是没有问题的，一般颅内有血ct是可以直接检测出来的，但是一些早期或者更早期的脑梗塞ct是无法显示出来的，这就需要磁共振来进行检查，所以单纯头痛可以做ct，如果想要全面性的检查，建议磁共振头部的磁共振检查比ct更加能清楚的知道具体病情，做CT是可以看清楚硬组织如头颅骨头，而做磁共振能够看清楚软组织如脑部，ct有辐射，而磁共振没有辐射，所以如果只是单纯头疼，可以先做脑ct，根据检查结果，看是否需要做磁共振进一步检查。注意事项及禁忌：对于有心脏起搏器，体内有金属植入物及幽闭恐惧症者，是禁止做核磁共振检查的。
头疼拍ct比较好。头痛是日常生活中的常见症状，CT检查较实惠，较低费用即可解决部分较大的问题，如是否存在肿瘤或出血等，且大部分引起头痛的原因通过CT检查即可解决；若出现神经痛或颅脑神经压迫病变，MR检查效果更好，但MR收费相应较高。若患者出现头痛现象，医生将根据头痛不同的性质、部位、症状安排不同检查。若患者为持续、反复跳痛，且疼痛迁延不愈，则应进行磁共振检查观察神经的情况。引起头疼的原因是比较多的，建议根据头疼的原因进行选择，可以在医生指导下进行相关检查，确诊后治疗。
