骨髓炎在治疗上关键在于早期诊断，早期控制感染，防止死骨形成，避免转为慢性骨髓炎。早期需要联合应用大剂量有效抗生素，通常在体温恢复正常后，仍继续使用两周左右。抗生素治疗2-3天，不能控制局部感染时，应手术治疗。局部制动固定，缓解疼痛。慢性化脓性骨髓炎以手术治疗为主，原则上是清除死骨，炎性肉芽组织和消灭死腔。
骨髓炎通过以下方法治疗最好：
对于骨髓炎的治疗首先要清除病灶，做到既不损伤正常的组织，又要准确保护骨与组织的完整性，给患者带来最小的伤害而获得最大的利益。之后行反复的冲洗，伤口内部使用抗生素控制炎症，使敏感药物直接作用在病灶处，全面彻底清除细菌。再次将较近的正常组织或者是松质骨充填缺损处，通过加压、牵拉，使骨获得再生重建，并且最后可给予中药的调护，提高患者的全身免疫力和抵抗力以加快骨髓炎的恢复。
在治疗上关键在于早期诊断，早期控制感染，防止死骨形成，避免转为慢性骨髓炎。早期需要联合应用大剂量有效抗生素，通常在体温恢复正常后，仍继续使用两周左右。抗生素治疗2-3天，不能控制局部症状时，应即刻手术治疗。局部制动固定，缓解疼痛。慢性化脓性骨髓炎以手术治疗为主，原则上是清除死骨，炎性肉芽组织和消灭死腔。
脚趾头骨髓炎可以通过以下方法进行治疗：
如果是发生在脚趾的急性骨髓炎，选择敏感抗生素抗感染治疗1-2周后如果局部症状缓解，停止静脉用药改为口服3~4周。如果2周症状不缓解，需持续用药至少三周直到症状缓解。如果仍伴有局部症状，需切开引流，结合抗感染治疗。对于发生于脚趾的慢性骨髓炎，如果是第2-4指，可与患者沟通后行截趾术。因脚的拇趾有部分承重的作用，因此尽可能保趾，实在治疗无效的情况下，再考虑截掉患趾。
指骨骨髓炎可以通过以下方法进行治疗：
急性指骨骨髓炎应该及时的进行彻底清创处理、彻底清除感染的骨组织、死骨和软组织。手术以后根据药敏试验选择敏感的抗生素进行全身的抗感染治疗，大约需要1-3个月，防止其转变为慢性的骨髓炎。如果已经形成慢性的骨髓炎则需要彻底地刮除病变组织，并彻底的切除窦道以及周围的皮肤软组织，彻底清除死骨，骨缺损处填塞抗菌素、人工骨或抗菌素骨水泥。