子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果，定期复查超声检查看看巧囊的大小，如果不长就可以观察看看，长的快就可以手术切除治疗。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。
女性卵巢巧克力囊肿的治疗方法，要根据女性的年龄，对生育的要求来决定，比如生育期的女性，卵巢巧克力囊肿直径大于3个cm，有生育的要求，此时应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，手术之后可以恢复卵巢正常排卵以及盆腔内环境。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。