指甲盖凹凸不平可能是营养不良、湿疹、甲癣等原因导致的。
1.营养不良：营养不良可能会导致缺乏微量元素，影响甲母质的正常供给，从而使指甲的合成甲板产生不规则的形状。
2.湿疹：如果有湿疹，可能会导致炎症性病变，造成指甲盖凹凸不平。
3.甲癣：抵抗力低下可能会导致指甲缺乏免疫功能，容易被真菌感染，引起甲癣，造成指甲出现病变，导致指甲盖凹凸不平。
一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
一般情况下，大拇指甲盖凹凸不平可能是缺钙、甲癣等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：如果患者存在营养不足的情况，体内可能会缺钙，可能会对指甲的生长造成一定的影响，可能出现大拇指甲盖凹凸不平的情况。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。
2.甲癣：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者大拇指甲盖凹凸不平，还可能变脆、发黄。患者应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬软膏等进行治疗，以免病情进一步发展。
指甲盖上有很多凹凸不平的小坑是有维生素缺乏，甲真菌病等指甲类疾病的可能，最有可能的就是指甲营养不良或者是灰指甲，甲营养不良表现为甲板变薄，或是出现甲纵纹、甲横纹、凹凸不平小点。
指甲凹凸不平，要看是单独某个指甲还是很多指甲都有，单独一个指甲有这种凹凸不平，往往要看是否有反复的机械刺激，比如反复的抠指甲，按压指甲等不良习惯。很多指甲都有凹凸不平现象，提示是有甲营养不良，多数和缺乏微量元素，比如缺钙缺血缺锌有关系。去医院挂皮肤科，查个微量元素。
指甲可以反映人体的营养状况。如果维生素、钙质等营养成分摄入不足，就会出现指甲表面不光滑，凹凸不平，没有光泽的现象。如果指甲凹凸不平，且有沟纹，那么可能要注意肝功能了。