本病目前尚无特效的治疗方法。鉴于本病病情呈进行性加重，致残率高，因此早期治疗，制病情发展，可提高生存质量，特别是家族中有类似病史的，更要引起注意，及早检查诊断。治疗期间，忌烟酒，忌食辛辣、过咸食物，避风寒，防感冒，多饮水。
小儿进行性肌营养不良可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方法进行治疗。一般治疗保持肌肉功能及预防挛缩，进行适度运动甚为重要，不宜久卧在床。对症治疗包括肌肉、关节的被动运动和按摩。药物治疗主要是使用泼尼松，可以调节基因翻译、增加层粘连细胞表达和肌膜修复、控制细胞钙内流。手术治疗主要是针对脊柱侧弯、关节挛缩等，能够纠正脊柱、关节的结构畸形。
中医通常是通过望、闻、问、切的方法来了解患者的病情。确定患者的病灶所在，采用合理的中草药配比，对患者进行补气养血、舒筋活络、调理肝肾功能方面的治疗，辅助针灸等手段，一般可以比较有效的控制病情。
在发生营养不良的时候饮食就是比较重要的一项事情，因为正处于长身体阶段的孩子无论是骨细胞的增生还是肌肉、脏器的发育等，都离不开蛋白质，因此，小孩营养不良要补充蛋白质。平时多吃牛奶、花生、瘦肉、鱼虾、禽蛋、豆制品等富含蛋白质、卵磷脂、赖氨酸的食物，这样有利于大脑的发育和身体的生长。
进行性肌营养不良最新治疗的方案是基础方法：基础治疗法主要包括系列中药制剂为主的药物治疗。应该选择康复训练方法：可以进行一些对肌肉的锻炼来达到治疗此病的目的。
现在针对进行性肌营养不良的病症没有太快速治疗的办法。可以在医生指导下通过补气益血，活血化瘀，营养神经，搭配均衡饮食的方法，综合性的调理身体。或者是针灸的方法。