核酸杂交试验是检测HPV感染的重要的手段，包括斑点印迹法、组织原位杂交法、核酸印记法。这些方法的特异度和敏感度均较高，是诊断HPV感染的敏感而可靠的方法。但技术操作繁琐，临床上没有普遍开展。
采用物理治疗、外涂药物或者在疣体基底部进行注射的方法，使疣体坏死脱落。常用的物理治疗方法比如激光、冷冻、光动力如果患者发生冠状沟珍珠疹，也就是假性尖锐湿疣，是不需要进行治疗的。
尖锐湿疣的治疗方法有很多种，尖锐湿疣不容易彻底治疗，目前治疗尖锐湿疣的主要方法是采用激光、冷冻、微波、电灼、光动力等物理手术的方法先去除皮肤表面的疣体，在辅以抗病毒的药物治疗。
是永久性存在的，因此即使在当时把症状已经治好，但是在稍微不注意又会反复的复发。需要先去医院通过一系列的手段把疣体去除，然后再使用药物来防止复发，才能够达到治好的目的。
尖锐湿疣的治疗要综合治疗，需要根据情况来选择不同的治疗方法。尖锐湿疣刚刚发现时出现的小的疣体，需要涂一些外用药，当疣体长的很大后就需要进行一些物理治疗。首先可以做冷冻，另外的方法就是做二氧化碳激光和光动力治疗，最后可以进行手术治疗去除疣体，以防复发。
治疗尖锐湿疣的药物可以选择鬼臼毒素酊，用于治疗直径小于10毫米的生殖器疣体，用药疣体总面积不应该超过1平方厘米，日用量不应该超过0点5毫升，用药后应该待局部药物自然干燥，还可以选择咪喹莫特霜治疗，该疗法的特点为复发率低，另外还可以选择三氯醋酸或者是二氯醋酸。