男性生殖系统真菌感染的治疗包括注意个人卫生、使用抗真菌的药物、对因治疗。
治病期间建议患者注意私密处卫生管理，保持清洁干燥；在医生的指导下使用真菌药物进行对症治疗；或者是去除各种诱发因素，积极治疗原发病，如艾滋病等疾病，通过加强锻炼，增强自身免疫力。
能治好的，出现脚部真菌感染之后是可以通过使用药物，进行治疗的，只是在进行治疗之后，还是有可能会导致出现再次的复发的情况，所以平时预防复发是关键，注意内裤和袜子要分开洗，并且鞋袜需要经常在太阳下暴晒。
耳朵真菌感染用抗真菌的药物，具体内容如下：
如果耳朵真菌感染，可以用美克等抗真菌的药物来治疗，也可以用一些抗真菌的滴耳液，比如水杨酸酒精滴耳液。然而，目前还没有一种药物可以完全治愈耳朵的真菌感染。耳朵真菌感染很容易复发，如果周围的环境比较热，耳朵里经常进水，不及时清洗，长期使用抗生素滴耳液，都会导致耳朵真菌感染的反复发作。
脚真菌感染需要长期用药才能彻底去除，在足癣用药后症状缓解后，仍需要坚持用药两周。用药时间坚持四周以上，治疗期间一定要注意预防，不要共用食物，换下来的袜子，天天开水烫洗。
真菌感染应该保持个人卫生的清洁，保持皮肤的干燥，同时多开风窗。饮食上一定要多加注意，以清淡为主，少吃一些辛辣的食物。也可以使用药水对被真菌感染的部位进行消毒。这样就可以减少细菌的繁殖。
手上真菌感染需采用抗真菌的药物和中药联合治疗为宜，手部湿疹后由于局部形成了糜烂渗出，很容易引起人体的真菌感染，出现了皮肤的瘙痒、脱皮和水泡形成。注意个人卫生，勤洗手。