肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核的复查检查需要做肠镜，但是做肠镜要看病人的身体状况，有些身体情况不宜做肠镜，尤其是在肠结核疾病治好后，很容易发生肠粘连或者倡导狭窄，不是特别适合再做肠镜，否则容易产生损伤，加重肠粘连，可以做CT检查。
肠结核是由结核分枝杆菌，引起的肠道慢性特异性感染，是一种常见的结核病。当然，近几十年来发病率已明显减少，肠结核主要是由人型结核分枝杆菌引起，通常引起肠道病变，主要是经口感染，患者多有开放性肺结核或者喉结核，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起疾病，经常和开放性肺结核病人密切接触，也可以被感染结核分枝杆菌进入肠道后，多在回盲部引起结核病变。
出现腹部位胀气，检查发现肠道结核杆菌感染，这种疾病是比较顽固性的，会引起腹痛、拉肚子、低热、恶心、食欲不正常等症状的时间是比较久的，观察反应治疗，是可以慢慢的好转，不要过度紧张。
进行皮试时应注意以下问题，皮试时，有可能出现假阳性，出现假阳性的原因可能是，有非特异的刺激性物质，如酒精等。皮试液浓度过高，注射量过大，皮试注人药液时，加压过大，特别是注人空气，可能产生风团和伪足等。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。