阴茎短小跟先天性的遗传因素直接的关系。如果想进行治疗，可以考虑通过手术的方法进行治疗。如果阴茎在勃起后大于10厘米是属于完全正常。还有就是体重的过度肥胖的病人。也可以造成阴茎短小的情况。
病因及原发病的治疗：如因两性畸形阴茎发育不全，可适量应用激素治疗，及时做成形术，因包茎所致的阴茎短小，应及早做包皮环切术，以利于阴茎发育。负压助勃治疗仪：国内生产的各种负压助勃仪，可通过负压作用、温水按摩，被动地使海绵体扩张，以此来增加其长度及周径，反复的刺激，使局部血液循环有所改善，以致对部分阴茎短小者有一定疗效。
中医对于阴茎短小并没有什么效果，因为阴茎短小属于先天发育不良，通过中药治疗也不可以后天继续发育阴茎的长度，如果勃起后短于八厘米，就属于阴茎短小，可以通过手术来矫正，除此之外没有更好的方法。
正常成年人的阴茎在勃起的状态下，只要超过9公分就属于正常的，如果短于9公分是属于阴茎短小。而且每个人的阴茎生长发育是有一定的差别的。阴茎短小，目前临床上没有任何的药物进行治疗的办法的。好的办法只能去医院做手术进行治疗，可以做阴茎延长手术，植入假体。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
