肾囊肿的药物治疗，目前来说没有什么特效药针对肾囊肿让囊肿不长或者是消失。主要还是因为肾囊肿它主要是肾小管憩室形成的，跟年龄相关，可能是属于退行性的改变。而且肾囊肿它对身体没有什么太大的影响，即使是肾脏中有几个，两个、三个，甚至是五个、十个的小囊肿，它对肾功能以及生活都不会造成任何影响。
如果囊肿不大，没有症状，不需要药物治疗。单一肾囊肿的唯一危害就是可能发展成恶性囊肿，不过这很少发生，无痛而良性的肾囊肿不需要治疗。如果肾脏囊肿发展，可能导致恶性。最好是在早期就有警惕，才能及时加以防止。
肾囊肿的治疗方法为，在超声引导下经皮囊肿穿刺。将大的囊肿抽出注入无水酒精破坏囊肿壁，使其粘连闭合从而达到治疗目的。治疗中小的囊肿无需治疗。同时病人要保护自己的肾脏功能。防止慢性肾功能不全。
不管中药还是西药肾囊肿靠药物是无法治疗的，由于单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。如果囊肿巨大，直径超过10cm则可能需要手术治疗。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
