急性甲状腺炎可以通过药物、手术等方式进行治疗。
急性甲状腺炎的治疗原则是：抗感染和手术介入，在早期确诊后，首先要选择广谱抗生素进行经验治疗，等穿刺物病原体的培养有了效果，再进行抗生素的调整。一般来说，如果合并有一些基本的疾病或者先天性畸形，很难控制感染，需要在2-3个星期内使用抗生素，在脓肿形成后进行抗感染治疗，同时还要进行排脓。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。
治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
急性甲状腺炎是甲状腺的急性化脓性感染，又可以称为急性化脓性甲状腺炎，常见症状为高热，出汗，喉咙痛，吞咽困难等，还会引起甲状腺的局部肿块，皮肤会发红，发热。急性甲状腺炎主要是抗感染治疗，在发病初期，应该选择消炎类药物进行治疗。
亚急性甲状腺炎通常自己会好，但也可以辅以系统治疗。
亚急性甲状腺炎是一种具有自限性的疾病，通常可以自行痊愈。但如果亚急性甲状腺炎患者有颈部疼痛、甲状腺肿大、发烧等症状，则建议采取相应的治疗措施，以改善不适，促使身体状况好转。对于颈部的疼痛症状，亚急性甲状腺炎患者通常可以遵医嘱用非甾体类的抗炎药进行止痛和消炎治疗。如果出现发烧的情况，患者可以进行退热处理。需要注意的是，亚急性甲状腺炎的治疗通常是针对患者的相关症状进行的，一般需要数个月的时间来痊愈。
亚急性甲状腺炎往往能在一个月内逐渐恢复正常。
具体分为三个阶段。第一阶段，亚急性甲状腺炎可引起病毒感染引起甲状腺大量破坏、甲状腺激素大量释放、早期甲状腺功能亢进症症状，表现为心悸、出汗、消瘦，检查单呈现甲状腺功能亢进症。此时忌吃碘，即不吃海产品，不使用任何抗甲状腺药物。随着时间的延长，进入第2阶段，即临床缓解期，往往最长约1个月左右临床症状消失，化验单逐渐显示患者生命体征平稳，血沉正常。一些患者可以进入第三阶段，即合并亚甲炎和甲减，患者乏力、嗜睡、体重上升，化验单出现甲减。此时，根据TSh的情况，一生都需要用甲状腺激素片替代治疗。