急性甲状腺炎可以通过药物、手术等方式进行治疗。
急性甲状腺炎的治疗原则是：抗感染和手术介入，在早期确诊后，首先要选择广谱抗生素进行经验治疗，等穿刺物病原体的培养有了效果，再进行抗生素的调整。一般来说，如果合并有一些基本的疾病或者先天性畸形，很难控制感染，需要在2-3个星期内使用抗生素，在脓肿形成后进行抗感染治疗，同时还要进行排脓。
治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。
急性甲状腺炎是甲状腺的急性化脓性感染，又可以称为急性化脓性甲状腺炎，常见症状为高热，出汗，喉咙痛，吞咽困难等，还会引起甲状腺的局部肿块，皮肤会发红，发热。急性甲状腺炎主要是抗感染治疗，在发病初期，应该选择消炎类药物进行治疗。
亚急性甲状腺炎多由病毒感染引起，以发热、甲状腺疼痛、肿大伴全身炎症反应为特征。症状轻微者可给予消炎镇痛剂治疗，以减轻炎症反应及缓解疼痛。糖皮质激素可迅速缓解疼痛，减轻甲状腺毒症症状，缩短病程。
若亚急性甲状腺炎症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。
亚急性甲状腺炎属于巨细胞性甲状腺炎的范畴，常继发病毒性上呼吸道感染。由于发病急，所以往往没有明确的诊断方法和治疗措施，在确诊之后会出现一系列严重的并发症，比如高热惊厥，呼吸困难等。若症状较轻微，可通过锻炼、饮食等方式，由此获得自愈。第一，要积极参加体育锻炼，能做运动、跑，可进行太极锻炼，这些锻炼可提高病人免疫能力，从而能够提高病人抗病能力，具有显着抑制亚急性甲状腺炎病症扩大作用。另外应该加强休息，保证充足睡眠，保持心情舒畅，不要过于紧张焦虑，以免导致病情加重。也可注意膳食，食用鲜虾、鸡蛋等优质蛋白，也可多吃含维生素较高水果，忌些高油腻，高脂肪类食品，透过上述的饮食，也有锻炼的机会，亚急性甲状腺炎通常可以自愈。