一是自行排出，一般小于0.6厘米的结石，都可以通过输尿管尿道排出体外。二是体外碎石术，较大的结石可以应用激光体外碎石。三是微创取石术，较大的结石也可以采用微创取石法。
肾结石需要根据结石的大小密度部位确定不同的治疗方法。如果肾结石是在六毫米以下，可以采取药物来治疗，如果肾结石是在六毫米以上，小于两厘米，也可以选择体外碎石。如果是在两厘米以上，可以选择微创手术进行治疗。
可以使用止痛的药物，但是这种方法是治标不治本的。如果想要去除疼痛感，还是要使用超声波碎石的方法，或者是服用药物来排石，并且要及时的多喝水，多喝多尿有助于小结石的自行排出；降低成石物质的尿饱和度以阻止结石继续生长；减少尿路感染的机会。
首先选择无创的检查。临床上泌尿系的B超。把肾、输尿管、膀胱乃至于尿道能够用B超来看一下，了解结石有多大，在什么部位，会出现什么样的不良的后果。第二个检查就是x线的检查。也就是说常常拍的叫腹平片，通过腹平片能够看到结石的部位、结石的形态，结石是否在肾脏里面，另外通过腹平片上结石密度来结石的成分。
小于1.5毫米的结石，可以多喝水，通过尿流经输尿管排出体外，一般不需要特殊治疗。结石直径在5－10毫米，可以服用药物进行治疗，结石直径大于1厘米，可以进行微创手术治疗或者腹腔镜手术治疗等。