引起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。喝点中药或者是吃点中成药，调理，都是可以的。锻炼身体，劳逸结合，避免烟酒刺激。
吸烟时间越长，精子畸形的数目就会越来越多。如果是身体内有的相关激素的分泌不调，就会导致畸形率的上升。由于存在泌尿生殖感染疾病，精液中的营养物质就会大大的减少，导致精子发生畸形或是直接死亡。
含硒高的食物。男性体内的硒有20%——40%集中在生殖系统，它参与了男性睾酮的合成和运载活动，帮助提高精子活力以及受精等生殖活动，硒还是影响精子生产和代谢的一系列酶的重要组成，男人缺硒可致精子生成不足、精子活性变低、精子出现畸形等。
可根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
需要先查明精子畸形的原因，才能快速有效的治疗。影响到精液畸形的因素很多如：慢性前列腺炎、精囊腺炎、附睾炎、睾丸炎、精索静脉曲张等。可以到医院在医生的指导下进行进一步检查，以明确病因病情，进行针对性治疗，以达到理想的治疗效果。
不良习惯的改正。导致精子畸形率高的原因中，与不良生活习惯相关的还是蛮多的。为了精子的质量，要做到戒烟戒酒、适量运动、不穿紧身衣、远离高温环境、远离辐射环境、多吃新鲜蔬菜水果等。