急性甲状腺炎可以通过药物、手术等方式进行治疗。
急性甲状腺炎的治疗原则是：抗感染和手术介入，在早期确诊后，首先要选择广谱抗生素进行经验治疗，等穿刺物病原体的培养有了效果，再进行抗生素的调整。一般来说，如果合并有一些基本的疾病或者先天性畸形，很难控制感染，需要在2-3个星期内使用抗生素，在脓肿形成后进行抗感染治疗，同时还要进行排脓。
亚急性甲状腺炎等，一般数周或数月后减轻，病程6-12个月，反复发作者甚为罕见。
一旦出现了慢性化过程，则会对患者带来很大的危害，严重时还可导致死亡。如亚急性甲状腺炎反复发作，有可能是糖皮质激素减量过快，停药过早，此症若症状较轻微，可应用非甾体类消炎止疼药，疼痛症状好转即可，如仍伴发热，血沉升高十分明显，可再应用糖皮质激素，以改善症状。对于亚急性甲状腺结节或囊肿者，一般不建议进行治疗。待血沉恢复正常后，再逐步减量，总疗程必须超过6-8周，如停药太快，太早，极易又导致亚急性甲状腺炎的复发。因此对于已经发生了亚急性甲状腺炎的患者，应该尽早进行治疗和护理，避免造成不必要的损失。亚急性甲状腺炎为病毒感染变态反应性炎症，发病前，许多病人都有上呼吸道感染病史。
治疗亚急性甲状腺炎主要通过药物治疗，治疗发热、颈部疼痛等症状。体温高于38.5℃时可进行退热处理，如颈部疼痛、耳颞部疼痛等，可加用非甾体类抗炎药进行止痛治疗，但如果单纯使用非甾体类抗炎药无法控制病情时，排除激素使用的禁忌症，可适当加用激素药物的治疗，具体用药需要在医生的指导下进行，不可盲目用药，容易引发不良反应。
亚急性甲状腺炎的治疗应在内分泌科。
亚急性甲状腺炎通常大部分由病毒感染所致，导致甲状腺受损，表现是甲状腺部位疼痛或压痛，并常向颌下、耳后或颈部等处放射等。甲状腺破坏后，甲状腺激素被释放进入血液中，导致甲亢相关病症如心悸，无力等，心情容易兴奋，出汗等，还有一些人直接步入甲减期导致畏寒无力。患者需要去内分泌科就诊，明确有无分泌紊乱的问题，然后根据个人情况对症治疗。
急性甲状腺炎是甲状腺的急性化脓性感染，又可以称为急性化脓性甲状腺炎，常见症状为高热，出汗，喉咙痛，吞咽困难等，还会引起甲状腺的局部肿块，皮肤会发红，发热。急性甲状腺炎主要是抗感染治疗，在发病初期，应该选择消炎类药物进行治疗。
亚急性甲状腺炎应该注意预防，要及时的进行相应的处理，以免造成长期的损伤。
亚急性甲亢，通常都是由病毒感染导致的。夏天是该病的多发季节，平时要加强饮食的调节，避免暴饮暴食，避免生冷辛辣刺激性的食品。尽量不要食用刺激的食品，多喝水，对身体有很大的帮助。对于亚急性甲亢的病人，可以给予一定的休息，给予布洛芬，塞来西布等非甾体抗炎止痛剂。