衣原体感染不容易治疗，衣原体感染是性病一种最难治疗，病会反复复发必须与有性关系的人同时治疗期间不能有性生活已经感染到附睾炎说明感染没有控制住尽快去医院彻底治。
衣原体阳性代表分泌物中可以检测出衣原体。有传染性，双方应该同时治疗，治疗期间禁止性生活。要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。平时积极锻炼身体，增强身体的抵抗力，可减少衣原体的发病率。
肺炎衣原体咳嗽可以服用一些消炎止咳的药物来进行治疗，如果没有效果也可以进行输液。衣原体肺炎会出现咳嗽，咳痰，身体发热，脸色苍白，四肢无力，头晕头痛平时一定要注意保暖，避免着凉。
衣原体肺炎的治疗需要选用药物敏感。在选择抗生素时要特别注意，要保证一个完整的疗程，以免出现反复。阿奇霉素、红霉素等药物的用量过少，或疗程过短，往往无法彻底控制细菌，就会引起长时间的咳嗽，甚至是连续几个月的咳嗽，所以在治疗的时候要注意足够的剂量，充分的疗程。
衣原体比细菌、病毒治疗难一点，如果内服药物效果差，可以静滴相关药物治疗，注意休息，营养均衡，一般治疗两个疗程复查，阴性后就可以。如果静滴一个疗程感觉症状很少，可以内服一个疗程药物。
首先要明确是哪一个部位的衣原体感染，是消化道、呼吸道，还是泌尿系衣原体的感染。无论是哪一个部位的衣原体感染，都需要抗衣原体治疗。抗衣原体治疗如果在药敏实验没有出来结果之前，要根据临床经验选择对衣原体比较敏感的抗生素。
