肛周脓肿只能手术治疗，如果不及时治疗，有可能演变成肛瘘。肛周脓肿一旦治好，不再形成肛瘘。尽早手术的原因是肛门周围组织较疏松，且间隙多，故当一个间隙发生感染后常会迅速波及到其他间隙，引起多个间隙的混合感染，所以肛周脓肿应及早手术治疗。
一般情况下，肛周脓肿要换药一个月左右。
脓肿术后半个月之内要每天换药，半个月之后可以二到三天换一次药，直到创口完全长好。主要看伤口情况，平时注意饮食习惯，多吃新鲜蔬菜，水果，注意腹部保暖，忌辛辣刺激性食物，多喝水，保持大便通畅，便后温水坐浴。在换药时要注意脓肿内口的消毒，清除坏死组织和分泌物，更有利于创面的恢复，也能很好预防肛周感染和皮下瘘形成。
治疗肛周脓肿的方法有手术，且越早越好。肛周及会阴部可见片状黑色病变，皮下可触及捻发音，严重的大片皮肤及筋膜进行性坏死，波及阴囊、大阴唇，有的到达直肠下段、下腹部、后腰部，面积广，蔓延速度快。
肛周脓肿属于感染化脓性疾病，但在感染初期，脓肿尚未形成时，可以采取保守治疗，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散。但是也要做好手术的准备，毕竟大部分肛周脓肿采用药物治疗是徒劳的。
肛周脓肿的危害大，日常生活中如果采取适当的措施来调理，久坐之人要积极参加体育运动，增加肛门部的抗病能力。应经常清洗，勤换内裤。保持肛门清洁。肛门部有较多的汗腺和皮脂腺，经常分泌腺液。多吃含纤维素多的食品防止便秘。
肛周脓肿分为皮下和高位脓肿，皮下的肛周脓肿不需要挂线，如果肛周脓肿的内口超过了肛管直肠环则需要挂线治疗，因为直接切断肛管直肠环会引起大便失禁。挂线则可不切断肛直环而使脓腔愈合，同时也有引流炎性渗出物的作用。