甲减不论是甲状腺性甲减还是下丘脑性、垂体性甲减，用甲状腺激素治疗效果良好，除了抗甲状腺药物以及甲状腺次全切除术引起的暂时性甲减以外，其它原因所致的甲减应该长期服用甲状腺激素。
亚临床甲减的治疗需要自身的一些症状，还有TSH升高的程度来进行判断。如果TSH升高的不明显，也没有明显的症状，就可以考虑随诊观察。如果具有一些甲减的症状，也可以给予小剂量的甲状腺激素进行治疗。如果TSH明显的升高，化验血清中过氧化物酶抗体也明显的升高，就应该进行甲状腺激素的替代治疗。
患有甲减可以对症口服甲状腺片进行调理治疗疾病。在用药物调理治疗的同时应多吃富含碘的食物，适当的多吃一些海带海菜，紫菜等海产品，应合理营养饮食，应戒烟戒酒，忌食油腻性较大的食物和高胆固醇食物，注意休息。
甲减是一种全身代谢减低综合征，除了少数甲状腺炎引起的一过性甲减可以治愈之外，其他的都是无法治愈的，需要终生服用药物进行治疗，如果不及时治疗，可能会出现疲劳、体重增加、记忆力减退、反应迟钝等症状。
青春期产生的加减，可能会导致青少年的发育受到影响，而成人产生的加减，则可能会影响导致患者的生育力和性欲，女性患者可能会出现月经不调、流产的可能。
甲减严重，可导致浑身软弱无力，易疲乏，皮肤粗糙发干，怕冷，头发干燥、稀少，工作提不起精神，注意力不集中，记忆力下降，智力减退，食欲欠佳，时常感到肚子胀，便秘，体重增加，心率减慢，性欲减退，男性可出现阳痿。