孕妇患有乙肝小三阳可以通过以下方式进行处理：
如果是乙肝小三阳，也不用担心，要到感染科进行检查，做乙肝DNA、肝功能、腹部彩超等相关的检查，以确定肝功能是否正常。如果病情比较眼红，需要进行药物的抗菌治疗，也可以通过口服替诺福韦进行药物的抗菌治疗。新生儿在12个月之内要进行规范的阻断，同时要在12个小时之内进行乙肝疫苗和乙肝有效免疫球蛋白。
可以确定的是，有乙型肝炎的人可以获得三阳的健康证书。
由于目前的《食品卫生与安全条例》，在进行健康证的体检中，HBV不再是必须进行的检查。乙肝是一种传染性的传染病，它的传播方式是通过血、性、母婴等方式，并不是肠传染病，只要肝脏功能没有问题，一般不会传染。所以，就算有三阳，也可以申请健康证，除非是做幼稚园，否则需要定期做肝功能检查。
不需要每天都去进行检查的，基本三个月左右去检查一下肝功和DNA，一年左右去检查一下B超等就可以了，如果病情有变化，如果肝功能异常，DNA超标，就要正规的抗病毒治疗和对症处理。
乙肝小三阳的转阴主要指的是乙肝病毒定量的转阴。乙肝小三阳病情的进展，发生肝硬化、肝癌的危险因素，主要来自于乙肝病毒的复制。所以乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服药物，可以在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗，需要化验肝功，病毒DNA定量，如果病毒数量多肝功异常，就需要使用保肝药物和抗乙肝病毒药物，反之不需要用药，定期复查就可以。