病因主要有以下方面：血行感染糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘；直肠肛门损伤。外伤、吞咽硬物，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起；由于痔疮而引起的瘘道；肛裂反复感染；便后没有清洁及饮食习惯。
肛瘘是肛腺感染化脓引起的，绝大部分都需要手术治疗，不能自愈。因为脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管;肛瘘的治疗可以采用瘘管切开术，肛瘘切除术，或者可以用中医的挂线疗法。
肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。如果患有肛瘘，选择保守治疗是不会有显著的效果，要是想治好肛瘘还是需要选择手术治疗，因为已经形成瘘道，要从根本上治疗，肛瘘恢复的可能性很小。可以到正规肛肠医院检查确诊，在听听医院的建议进行治疗。
尽早进行手术治疗，可以考虑做微创，门诊治疗，治疗后可以正常工作、活动，痛苦小，费用低，饮食方面避免辛辣就可以。属慢性复杂性肛瘘、结核性肛瘘的病人，手术后宜多食既易消化而又富有营养的食品，尤其是含丰富蛋白质的食物，如鸡、鸭、牛肉、鸡蛋、牛奶、豆浆等。
肛瘘流血为一种疾病，亦为一种症状，肛瘘流血主要出现于肛瘘的中期与晚期。肛瘘流血的情况主要为肛门周围存在的一些小包，红肿、破溃导致。肛瘘的早期可出现流脓，因为肛瘘主要因脓肿导致，当脓逐渐排干净之后，再长好之后，那么下次还会出现此类情况。到中晚期之后，就很少有脓液流出来，流出的一般为脓与血的混合物，或者单纯的出血。