生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
治疗卵巢囊肿是从整体观入手，硫肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒，全面调节内分泌使气面血活，活跃脏腑，经络为本，气血为用，气血是肌体的物质基础，脏腑是气血生化之源，起着分管血的生成，统摄与运行。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。
卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄、症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及主观愿望等因素而定。良性卵巢囊肿可以通过手术进行切除。
卵巢囊肿以手术治疗为主，卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的种类，分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿需要手术治疗。卵巢的恶性肿瘤，及时采用彻底的手术治疗的方法。
