口腔囊肿也是分好多情况，而如果囊肿是牙源性来源的囊肿，是体积比较小，范围比较局限在根尖的附近。经过根管治疗以后，有一部分囊肿是可以自己消失的，是不需要做手术治疗。如果囊肿的体积比较大，或者非牙源形性的，有一些囊肿甚至是x线检查觉得像是囊肿，其实是肿瘤，比如角化囊性瘤，就是以前称为角化囊肿，造釉细胞瘤等之类的肿瘤，就是不会自己消失的，需要尽快做手术。
如果口腔囊肿是良性的且体积较小，可以不手术。如果说已经形成了一个完整的囊肿，可能还是需要手术切除的，因为如果不手术切除，囊肿是很难治疗的，需及时到口腔科详细检查后，系统治疗。
口腔囊肿一般分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。含牙囊肿的治疗原则是，手术摘除囊肿以及囊肿内所含的牙齿。
口腔囊肿分为发育性和炎性囊肿，发育性囊肿是指在牙胚牙齿的发育过程中或颌骨的发育过程中形成了囊肿，炎性囊肿是指口腔炎症所继发的囊肿，通常见于根尖炎，牙周炎或者其他疾病继发出现，需要到医院的口腔科就诊检查。此类疾病需要做到早期发现，早期治疗，平时可能需要加强预防，尤其注意口腔的卫生。
口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
