肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
肝内外胆管结石可以吃南瓜子，肝内外胆管结石有可能是先天性病变，比如先天性胆管扩张，这是由于胆管胚胎时期发育异常、病毒感染，胆管神经肌肉发育不良，以及胰胆管合流异常等引起的。
肝内胆管位于人体的肝脏内，通常肝内胆管有粗细之分。一般肝内胆管起自于毛细胆管，也就是比较细的胆管，会合成小叶间胆管，然后再逐步的汇合呈肝段、肝叶的胆管以及肝内部分的左右肝管。
在治疗上应该采取积极的手术治疗，把原发性肝癌的位置进行切除。如果手术不耐受，身体条件比较差，心肺功能又比较差，可以配合中药的巩固治疗。中医对肝内胆管切除以及不能耐受切除的病人都是有很好的作用，可以杀灭血液中残留的肿瘤细胞，还可以通过介入导管的灌注化疗。
多发性肝内胆管结石指肝内胆管多发结石。肝内胆管结石是指发生于左右肝管汇合部以上的结石，肝内胆管结石的病因复杂，主要与肝内感染、胆汁淤积、胆道蛔虫等因素有关。
肝内胆管癌是不容易治疗好的。手术切除是肝内胆管癌的首选治疗方式。手术的范围要看患者的癌肿部位以及癌肿的大小，通常手术方式包括左右半肝切除术、肝叶的部分切除术，以及肝段部分切除术等。
