要进行全身抗炎治疗，建议口服头孢类抗生素，加甲硝唑类药物，可以控制炎症，局部消毒以后把脓肿切开引流。引出脓肿内的脓汁，这样可以明显缓解疼痛，还使得炎症得到进一步的控制。
有脓液形成是可以用针刺破脓肿的。牙龈脓肿大多数是慢性牙周炎引起的，配合服用消炎药物进行治疗，要积极治疗牙周炎等原发性疾病，注意口腔卫生，清淡饮食，多吃蔬菜和水果。
主要是由于智齿冠周炎而导致的，由于颌骨的退化和牙齿退化不成比例，往往导致第三磨牙萌出位置不足而出现阻生，阻生的牙齿刺激周围的牙周组织产生炎症，称为智齿冠周炎。口服奥硝唑头孢和洛索洛芬钠改善缓解症状。
脓肿初期积极行镇痛、抗感染及支持治疗，脓肿形成后可行引流或脓肿切除手术。可用药物治疗，在脓肿初期脓液尚未形成前，可清除大块牙石，冲洗牙周袋，根据情况给予镇痛药、抗生素或支持疗法。也可用手术治疗。
现在的治疗方法很简单，就是去口腔医院做局部脓肿地方的冲洗上药等脓肿消退些后，做全口洗牙和局部脓肿部位的深刮治疗，为的是去除附在牙根上的牙石，这才是引起脓肿的病因，单纯的抗生素治疗并不能清除牙石。如果脓肿不严重可以一次完成以上治疗。同时注意口腔卫生。
肛周脓肿从大的方向来分，分低位脓肿和高位脓肿。一般非常痛，局部的颜色很红，用手去摸肿块会明显感觉局部皮肤温度升高，这就是最常见的低位脓肿。高位脓肿包括骨盆直肠间隙的脓肿，一般不会伴有明显的肛门部的疼痛感，但是肛门部的坠胀感非常明显，不管是低位脓肿还是高位脓肿，都需要手术。
