十二指肠乳头肥大有生理和病理两种情况，可以通过一般治疗、药物治疗以及手术治疗进行处理。
生理上是由于先天性的，只要不会妨碍到胆汁的排出，也没有出现腹部疼痛或者其他的表现，是可以不用进行治疗的。十二指肠乳头的炎症、肿瘤等是病理性的表现，出现腹痛、黄疸等表现后要立即就医，做好腹部CT，以及肝、胰、脾等部位的MRCP检查，以确定原因，以便进行后续的处理。可以使用消炎药物或手术进行治疗.
首先要注意饮食方面的饮食，以清淡的饮食为主。其次要注意适当的活动，注意劳逸结合，避免过度疲劳、焦虑等，以免加重溃疡病和糜烂。
胃溃疡十二指肠糜烂可能会导致植物神经功能失调，引起内分泌紊乱，会导致交感神经亢进或者是植物神经紊乱，会加重溃疡的症状。雷贝拉唑胶囊是目前临床上应用最多的药物，可以抑制胃酸；枸橼酸莫沙必利胶囊是能促进胃肠蠕动的药物。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
十二指肠瘘可能会出现腹胀腹疼的症状，伴随反酸烧心，可以服用保护胃肠粘膜的药物，胃肠道不太好的少吃酸菜，不要吃膨化食品和辣的食物，多做有氧呼吸运动，注意清淡的饮食，低盐低脂，不要暴饮暴食，多吃水果和蔬菜。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
