女性体内有雌激素受体，植物雌激素只有与雌激素受体结合才能发挥雌激素作用。而男性体内不含雌激素受体，所以饮食中摄入植物雌激素就不会产生雌激素的作用。正常人体会平衡雌激素和雄激素水平，所以不用担心使用植物雌激素会对男性产生副作用。
它可起到平稳恢复体内正常睾酮水平，改善相关症状，提高生活质量的作用。近年睾酮替代疗法日益受到医学界的重视，而较为广泛地应用于原发与继发性腺（睾丸）功能低下及男性更年期睾酮水平低下症的治疗。
食物中含有的天然植物雌激素，对人体荷尔蒙的分泌有着很重要的影响，植物雌激素对荷尔蒙能起到一种良好的平衡作用，黄豆能够起到对雌激素的双向平衡作用，另外，含硒和锌的食物对平衡雌激素也有特殊功效。要适量，平衡很重要，雌激素太多，内分泌不调也会引发多种疾病。
骨质疏松症使用雌激素替代治疗的效果是比较好的。
在更年期的妇女患有骨质疏松症的主要因素之一就是因为在更年期的时候，体内的雌性荷尔蒙会降低，从而造成骨骼的钙盐流失，从而增加骨吸收，从而造成骨质疏松症。如果是更年期的话，可以选择采用雌性激素代替疗法，来增加骨骼里面的钙，从而帮助骨骼里面的钙质沉淀下来，从而缓解骨质疏松症。但也有部分患者不能服用激素，例如女性激素依赖的癌症，不能服用。
植物雌激素是一种与动物雌激素、生物活性相似的物质，对骨骼产生雌激素的影响，提高骨骼的密度，从而降低骨骼的吸收。
目前尚不清楚，主要是雌激素、细胞激酶、细胞讯息传递、局部的细胞因子等因素。此外，植物性雌激素还会抑制骨质组织对甲亢的敏感度，抑制白介素吸收媒介的分泌，或者是对成骨和破骨细胞的直接调控，有助于防治骨质疏松。
