自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
一般情况下，流产后腰疼可以用以下几种调理方法进行调理，有助于缓解症状：
一、注意保暖和休息，避免提重物和过于劳累，流产后身体比较虚弱，机体的抵抗力下降，防止受凉感冒。
二、平时可以对腰部进行热敷，避免经常弯腰或者久站久坐，注意运动与休息相结合，睡觉时也尽量采取仰卧姿势或者侧睡，避免过重的体力劳动等。
流产后腰疼的原因如下：
一：做完手术后，子宫恢复过程中，会引起子宫肌纤维的收缩，进而可能会引起此类症状；二：炎症引起的。人工流产不干净、遗留孕囊、手术后继发性的感染等可能会引发相关症状。三：手术后没有充分的休息，过度的工作，以及过早的从事高强度的劳动。四：病人有腰部肌肉损伤，腰椎间盘突出，在手术后，由于身体免疫力降低，或者长期在病床上躺久了，也会导致身体出现不适。
流产后腰疼的原因如下：
流产后出现腰部疼痛，主要是因为休息不足，或者是宫内有淤血，需要做B超来明确病因。出现瘀血症状的时候要配合医生进行治疗，可以口服益母草等中药进行治疗，还可以多饮水，需要刮宫的时候要及时进行刮宫，宫中出现了炎症，可以口服一些抗炎的药物，例如阿莫西林，需要的时候也可以打点滴。平时要多食用一些蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食品，要加强腹部的保护，睡眠质量差的话要多做一些针灸推拿，还要加强运动。
孕早期腰疼有可能是流产前兆，具体分析如下：
在孕早期出现腰痛一般有两个原因，第一点是流产前兆，需要及时到医院进行检查，并根据情况确定是否进行保胎治疗。第二点是宫外孕，这种情况需要经过检查后判断，能否进行保守治疗，如果不能则应尽早进行流产清宫，以防影响到孕妇的生命健康。
建议孕妇在孕期定期进行产检，保障孕妇和胎儿的生命安全。
一般情况下，怀孕初期腰疼并不一定会导致流产。具体情况分析如下：
孕妇在怀孕初期会出现腰疼的症状，主要是因为激素水平的变化。腰疼还可能是孕妇缺钙引起的。腹痛伴阴道流血可能是流产。建议孕妇平时要做好日常的护理工作，避免过度劳累，多散步，多休息，避免着凉。饮食上要注意营养均衡，粗细搭配，多吃豆制品、虾皮、瘦肉、芝麻、奶类、坚果类等。