在巴氏腺囊肿初期，可以服用一些抗感染的药物，比如头孢克肟分散片、头孢克肟咀嚼片等，可以配合甲硝唑进行抗感染。还可以配合局部坐浴，或者是服用一些清热解毒的中药来治疗。巴氏腺囊肿在服用药物的过程中，要注意观察，如果没有明显的改善，导致局部肿胀、疼痛、行走困难，甚至出现了不稳定的症状，这种情况下不能再服用药物。必须通过外科手术切开引流，否则会导致持续的疼痛，从而影响到工作和学习。
手术治疗，一种是囊肿切除术，即将囊肿全部切除；但由于创伤较大，现在已经比较少用，而代之以囊肿造口术。造口术切口选择在囊肿的下方，让囊液能够全部流出来，同时用引流条以防造口粘连的下方，让囊液能够全部流出来，同时用引流条以防造口粘连。
巴氏腺囊肿（亦称巴多林腺）又称前庭大腺囊肿，前庭大腺位于两侧大阴唇后部，腺体开口于小阴唇内侧近处女膜处。前庭大腺分泌液排出受阻而积聚于管腔，引起腺体囊性扩张，就会引起巴氏腺囊肿。主要症状为一侧阴唇较另一侧肿大，由于巴氏腺囊肿可以长期存在，多年不变，如果不妨碍日常生活，则可以定期观察，无需治疗。
巴氏腺囊肿是由于前庭大腺腺管开口阻塞，导致分泌物积聚于腺腔而形成。巴氏腺囊肿小，又没有感染的时候，病人是没有任何自觉症状，通常可以不用进行特殊的处理治疗。而当囊肿增大，病人会出现外阴部的坠胀，以及同房不适等表现，这时候就可以考虑做前庭大腺囊肿的造口手术来进行治疗。
较大的巴氏腺囊肿，会出现外阴坠胀、性交不适等症状。如果感染可出现明显疼痛、脓肿，巴氏腺囊肿出现波动感，严重者还会出现体温升高，需要及时手术治疗。建议平时做好会阴部位的日常护理，保持清洁卫生，不要吃辛辣刺激性食物，月经期勤换卫生巾。
