甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
通常情况下，甲状腺囊肿可以进行体格检查、彩超检查、CT检查等。具体分析如下：
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物，肿块呈圆形，直径多在2－5厘米之间，一般不疼或轻微疼痛，随着吞咽上下移动。多数是单发结节，少见于多发结节，可以进行体格检查、彩超检查、CT检查等，从而准确进行诊断。建议患者去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
有时在做B超的时候，会发现有一个囊肿，患者会很紧张，不知道会不会有危险，需要对囊肿进行进一步的观察，最好的方法是三个月复查。同时还要检查囊肿是否大，是否有压迫感。比如说，压迫到了甲状腺组织，压迫到了颈部的血管，患者会感觉到不适，如果囊肿生长的太快，就必须要做手术，如果囊肿向外生长，形成一个包在脖子上，会很影响美观。有些特殊的职业，可能会选择外科。同时还要检查囊肿边缘有没有毛刺，里面有没有钙化。
