通常，阴茎短小的治疗不需要太多时间。首先，患者需要做的是了解疾病的原因并找到治疗方法。在彻底了解病因后，采用适当的治疗方法。治疗阴茎短小，只要选择正确的方法，治愈疾病的机会就会增加。
包皮过长容易藏污纳垢，引起泌尿生殖系统的炎症反应，对生殖器的发育也是不利的。到专业的泌尿外科和男科检查，阴茎海绵体血流多普勒，这样才能做出明确的判断，如果血流下降，是可以进行药物补充的，包皮过长一定要行手术治疗，这样才是最安全可靠的。这样才可以减少手术的风险性。如果阴茎勃起后能够达到十厘米正常的，不是什么问题。
肥胖导致阴茎短的小该需要合理减肥，还可以通过手术进行治疗。1、既然是因为肥胖症，那就一定要瘦，最重要的是，体重减轻了，阴茎附近的肥肉就会消退，露出的阴茎就会变大。2、如果出现了很严重的问题，或者多次的减肥不成功，需要做的是在做手术的时候，因为切除了大量的包皮，也会让阴茎变得比之前长。建议家长根据小孩的具体情况，选择合适的方式来处理。
内分泌失调会导致阴茎短小。病人可以进行多次阴茎延长手术和假体放置。阴茎在勃起状态下大于12厘米，在虚弱状态下大于6厘米，这些是正常的。许多短阴道直径是先天性原因，可以进行手术。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
可以到专业的中医院找中医把脉，综合舌苔和脉象，在药师和医师的指导下应用益精填髓，补中益气的药物进行调理。生殖器发育异常，中医所说肾精亏虚，肾气不固，西医多考虑阴茎海绵体发育异常和激素水平的下降。
