对于结石直径小于等于6mm的输尿管上段结石，可以选择应用输尿管扩张的药物和排石药进行保守治疗。对于结石直径在6mm-1cm之间的输尿管上段结石，可以选择体外冲击波碎石进行治疗。
这种结石的治疗手段有很多，大部分都是采用手术的方法来治疗，效果也是非常好的，常用的排石治疗药物包括利尿剂扩张输尿管平滑肌药物，抗炎及抗水肿药物，常用的扩张输尿管药物包括，α受体阻滞剂，抗炎及抗水肿药物。
小儿左肾积水伴左侧输尿管上段扩张可能是有结石或肾盂输尿管连接处狭窄，要进行辅助检查，建议做造影。结石可以进行碎石治疗。肾盂输尿管连接处狭窄要进行手术。
尿路不畅是肾结石导致肾积水，严重的会导致集合系统分离、脓肿、急性肾功能衰竭，建议进行抗感染治疗，若无法改善要手术取石。肾积水可口服药物调理，去除肾积水最好是针对病因治疗。根据病因性质选择手术方法，先天性肾盂输尿管连接部狭窄可以进行肾盂成形术，肾输尿管结石可以通过取石或碎石术。
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一般情况下，肾结石在输尿管上段，排出的时间需要根据患者的具体情况进行判断。具体情况分析如下：
假如石头很细小，例如0.2厘米，多饮水，也许1-2天后就会被清除。超过1.0cm的结石不排除自身排泄的可能。要通过B超来判断结石的大小、数量、肾积水的程度，然后再确定具体的治疗方法。对于直径在0.5cm以下的结石，需要在一星期内进行排石。在直径超过0.6cm，低于2.0cm的情况下，采用体外振动法进行碎石。经输尿管镜下，采用钬激光进行结石治疗。
肾结石卡在输尿管上段可以在医生的指导下使用以下办法，具体分析如下：
如果肾脏结石在输尿管上段，那就说明肾脏的结石正在缓慢的向下移动，但是因为体积过大，如果不及时治疗的话，很可能会导致肾脏的炎症，肾衰竭。可以通过泌尿系统逆行造影来确定结石有没有间隙，如果有间隙，可以进行输尿管镜取石。如果没有间隙，可以选择体外冲击波碎石。
