肌腱鞘囊肿主要发生在四肢和后背，一般无明显的临床表现，少数患者会感到运动和知觉受到限制。彻底根治的最好办法是外科切除。
应用止血条能清楚地显示外科的视野和局部麻醉。切口及皮下，小心保护主要的神经、血管，沿着囊内的软组织，将囊壁和蒂部剥离，同时将肌腱和肌腱的局部剥离，同时清除了一些肌腱，观察是否有残余，然后将创面缝合，在手术2个星期内拆除。建议在医生指导下服用2-3天的抗菌药物。
做腱鞘囊肿手术切除会有轻微的疼痛，同选择的麻醉方式有直接关系。
肌腱鞘囊肿是一种良性的肿块，通常在手术过程中要进行局部麻醉，如果手术成功，一般在术后3-3天服用镇痛药物来缓解，不会有多大的痛苦。手术后要注意及时更换药物，尽早进行下肢抬高和制动，并要注意保持良好的生活方式和饮食，避免出现的不适症状，可以在医师的建议下服用镇痛药物。
左踝腱鞘囊肿切除术主要是通过麻醉后手术切除进行治疗。
术区三次用碘伏进行消毒，使用无菌布覆盖，一般使用局部浸润法，在麻醉起作用后，用解剖刀将表皮和皮下组织切割直至囊肿，并将其钝化，将其显露出来，以明确囊肿部位的主要神经和血管损害，并将其完全切除，并将其周边的粘连组织清理干净，以避免囊肿再出现。手术后，用弹性纱布将伤口一次一次的缝紧，3个星期内使用弹性纱布进行固定。
腕部有腱鞘囊肿，应属手外科范畴，亦可到骨科就诊，基本哪个骨科科室能有效治疗。
由于手腕部腱鞘囊肿所致，多数病例不出现显著症状，因此无需特别处理，但不能重复推拿按摩，忌手腕部活动过多，以免手腕部腱鞘囊肿屡遭磨擦，能有效地避免腱鞘囊肿扩大。若腱鞘囊肿渐大，引起局部疼痛等表现，甚至表现为血管神经受压，手术切除需主动完成。一般情况，对腱鞘囊肿行局部麻醉下手术摘除即可，通常不必住院治疗，门诊即可。
术后需保持刀口的清洁、干燥、加强换药、以免沾上水分，预防化脓性感染性疾病的发生，能有效地促进创面愈合。
腱鞘囊肿若无明显症状，无需特别处理，不断地观察即可，切忌重复揉搓按摩，忌活动过多，若腱鞘囊肿渐大，甚至有些痛苦的表现，可用手指将其挤出，还可以用拳头把它砸破，但这一现象很可能反复出现。如果出现严重症状，则可以前往医院就诊检查，必要时通过外科手术治疗的方式进行治疗。
此外，应该注意合理活动，有助于病症恢复。
