一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
疱疹性咽峡炎和手足口病的病毒不属于一个类型，大多数有病毒性感染引起的都具有传染性，需要按照病情及时的隔离同时抗病毒药物进行治疗，加强护理提高免疫力对病毒性疾病的恢复有一定的帮助。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
手足口病是一类病毒感染的统称，是病因。两者可重叠，即手足口病可表现为口腔溃疡的可能，口腔溃疡可由很多病因引起手足口病病毒是其中之一。手足口病是病毒感染引起，口腔溃疡病因不明确，但是于病毒感染关系不大。手足口病主要时学龄前儿童多见，主要表现为口腔黏膜糜烂溃疡多呈多发，同时伴有手及足部水疱，严重时会涉及臀部，伴有发热，有传染性，需要积极抗病毒及支持治疗。
手足口病初期可以表现为头痛，头昏，恶心呕吐，食欲不振，全身乏力等一系列临床表现之后，在口腔粘膜，面颊，手脚，臀部等全身各处可能会出现片状的红疹，红疹一般高出皮面。
手足口病与水痘的区别是引起疾病的病因不同，手足口病是由肠道病毒引起，水痘是由水痘带状疱疹病毒感染引起。手足口病在手足口腔上有疱疹或者是溃疡。给病人口服抗病毒的药物。平时应该要注意饮食的问题。
