输尿管结石手术的治疗费用与结石的大小、治疗方法以及就诊医院级别、医院设备等有关。例如体外冲击波碎石在三甲医院一次是1000元左右，输尿管镜下碎石有钬激光碎石、超声碎石，碎石方法不一样，的收费标准也不一样，因此并不能确定具体的手术费用。
对于术后患者，需要做进一步的检查，确定肾脏的大小、位置、阻塞的严重程度，同时要考虑患者的肾脏有没有重度肾脏积水。
由于在做完输尿管成形术后，很有可能形成输尿管的狭窄，所以肾结石很有可能是由于输尿管术后的输尿管变窄引起的，所以要及时的处理，同时要积极的处理输尿管狭窄，否则一旦病情加重，很有可能会再次发作。
输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术费用在30000-50000元之间，手术费用从最简单的不需要麻醉的体外碎石的一两千块钱，到微创手术，输尿管硬镜的两万多块钱不等，经皮肾镜以及输尿管软镜，总的算需要30000-50000元左右。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
