根据病情选择支气管镜下取石，或者是手术切除的方法。对于不伴有肺实质损伤的，可以首选支气管镜下取石，微创的并发症较小。对于反复出现肺部感染，以及反复大量咯血以及肺脓肿的，可以选择手术切除的方法。
肾结石的治疗需要根据结石的大小、结石的多少来决定。对于较小的肾结石，可以通过体外冲击波碎石的方法来进行治疗。体外冲击波碎石，对人体创伤较小，安全有效。可以将较小的结石打碎，从而使结石自行的排除体外。对于多发的肾结石或者结石的体积较大，此时可以通过经皮肾镜手术，通过经皮肾镜手术利用激光、超声波或者是气压弹道等方式，将结石打碎冲出体外，从而能够快速有效地去除肾脏的结石。
一般6个月复查就可以的，胆囊只是储存胆汁的器官，所以即使胆囊切除术后，也需要对胆囊管进行超声检查。需要重新检查肝脏，肝内胆管，肝外胆管，胰腺，脾脏超声来重新检查。胆囊结石，少吃脂肪含量高的食物，尤其要避免吃脂肪、鸡皮和油性食物，如油炸、油饼、油条，不要吃猪油和其他动物脂肪。
肾结石可以通过体格检查和影像学检查确诊。体格检查即肋腰点在第12肋下缘与腰大肌外缘叩痛明显，提示可能存在肾结石。确诊是通过泌尿系彩超、腹部立位平片或者泌尿系CT检查来确诊。
当肾区疼痛剧烈时可热敷，可以起到不错的缓解效果。肾绞痛常突然发作，发作时可以用右手拇指指压背部的压痛点，通过经络传导对尿路结石起到肾病治疗的作用。指压疗法对肾绞痛具有立竿见影的止痛效果，且可促进排石。肾结石疼痛时注意多卧床休息，多饮白开水。肾结石患者也可用针刺肾俞、三阴交、足三里的穴位，有止痛和促进排石的作用。
喝柠檬水可以治疗胆结石。柠檬对减少胆囊结石的发生会起到明显作用，因为柠檬中的维生素C可以抑制胆固醇在肝内转化为胆汁酸，从而使胆汁中胆固醇的浓度下降，两者聚集形成胆结石的机会也就相应减少。
