三岁小孩反复发烧最高39.5度需要赶快给孩子使用退烧药进行治疗，必要的时候可以进行静脉注射。三岁小孩中枢神经系统发育尚不完善，高烧可能对大脑造成损伤，甚至诱发抽搐，而抽搐发作时的缺氧又会加重大脑的损伤。
一般情况下，孩子的体温会随着身体的温度的改变而发生升高，通常是在七、八点左右。如果病情没有恶化，那么夜晚的气温会高于早上，早上五点至六点是最低的，七八点钟是最高的，但这要看病人的身体状况是否恶化。患者的情况是随着身体的免疫力增强而发生的，或者是细菌病毒的杀伤性比较大，会引起疾病的恶化，体温会越来越高。如果宝宝出现发烧的情况，建议及时去医院就诊，以免对身体造成更大的不良影响。
注射乙脑疫苗三天后发烧这种不正常，如果小孩子体温超过38度5，一定要尽快带宝宝去大医院检查治疗，有可能会有严重的后遗症，或者是并发症，这种都不一定，因为注射疫苗之后有发烧的现象，有的孩子就是这样的，可以给孩子贴退热贴，多喝点水。
孩子出现反复发热，已经3天伴有咳嗽，睡觉时会打呼噜，急性上呼吸道感染或者是支气管炎，不除外肺炎，可以服用调整后的用药，4种药物可以同时服用，但要分开，两种药物间隔时间至少半个小时，应在体温高于38.5度以上时服退烧药，体温在38.5度以下可以给物理降温。
问题分析：5岁半宝宝发热5天，体温升高38-39度，咳嗽，已经用了抗菌抗病毒药物发热不退
指导建议：化验结果显示是病毒感染，容易高热病程多在一周左右无特效治疗可用清热解毒的药比如小儿豉翘清热颗粒，咳嗽警惕并发肺部感染抗菌药物已经用了只要宝宝精神状态好继续用药
考虑孩子有急性感染的情况，既然已经尝试给孩子用过药并且效果不好，由于孩子的年龄太小，不提倡继续自行给孩子用药治疗。尽快带着孩子到医院儿科就诊，查一下血常规等检查，然后根据孩子的情况和检查结果给予相应治疗，这样比较合适。